虽然二氧化硅在水中是以硅酸氢根阴离子( HSiO5 )的形式存在的，但是大部分为带负电荷的胶体。一般很难通过氧化还原方式去除，所以过硫酸氢钾复合盐对二氧化硅没有去除效果。由于其可以在去除矿物质系统中用阴离子交换的方式去除，说明硅酸氢根阴离子可以离子化。又因为它可以被吸附在氢氧化铁或氢氧化镁沉淀上，这也说明它为胶体。

在表面水的温度下，净化池中水处理最常用的二氧化硅吸附剂是氢氧化铁，由铁盐作凝聚剂。该过程所需铁盐量较大，生成较多的硫酸盐副产物。尽管如此，在一些情况下，它仍然是一种很有效的工艺。铝酸钠在pH值大于8.5时也有一定效果。

二氧化硅在石灰软化工艺中通过沉淀的氢氧化镁也可以去除。该工艺在环境表层水温时，使用传统石灰软化剂1h并无太大效果，但是当停留时间延长至4h，水温增加到44～60℃，或者两者均相应增加时，则显示出明显效果;在加热软化温度超过104℃时，该工艺效率极高。接触时间和吸附剂密度十分重要。

处理二氧化硅的吸附剂量无法预测，尤其是使用铁盐作凝聚剂。这可能是由于其他竞争反应的存在。但是，可以使用烧杯试验计算所需药剂的量，这个结果比较可靠。